Mikrobiota jelitowa stała się w ostatnich latach jednym z najintensywniej badanych obszarów współczesnej medycyny. Coraz więcej publikacji opisuje zależności pomiędzy mikroorganizmami zasiedlającymi przewód pokarmowy a funkcjonowaniem układu pokarmowego, odpornościowego i metabolicznego. Badane są również związki składu mikrobioty z otyłością, cukrzycą, zaburzeniami czynnościowymi jelit oraz niektórymi chorobami zapalnymi. Rozwój nauki nie oznacza jednak, że na podstawie pojedynczego testu można już rozpoznać konkretną chorobę, wskazać jednoznaczną przyczynę objawów albo dobrać gotową terapię.
Rosnące zainteresowanie mikrobiotą sprawiło, że pacjenci coraz częściej spotykają się z ofertą badań określanych jako testy mikrobiomu, testy mikrobioty albo badania dysbiozy jelitowej. Ich zakres, technologia wykonania i znaczenie kliniczne mogą być bardzo różne. Część badań służy przede wszystkim celom naukowym i opiera się na szerokim sekwencjonowaniu materiału genetycznego mikroorganizmów, inne analizują zamknięty panel wybranych markerów bakteryjnych. Samo określenie „test mikrobiomu” nie mówi zatem jeszcze, co dokładnie zostanie zbadane ani czy otrzymany wynik może znaleźć praktyczne zastosowanie w opiece nad pacjentem.
Jak wyjaśnia dr hab. n. med. Michał Lipiński, specjalista chorób wewnętrznych i gastroenterologii oraz ekspert Centrum Wiedzy ALAB laboratoria, badania mikrobioty należy traktować jako narzędzia pomocnicze, których wynik może być oceniany wyłącznie w połączeniu z objawami, przebiegiem choroby, sposobem odżywiania, stylem życia oraz stosowanym leczeniem. Test nie zastępuje wywiadu lekarskiego, badania pacjenta ani diagnostyki prowadzonej w kierunku określonej choroby.
Mikrobiota jelitowa nie jest niezmienną cechą organizmu
Mikrobiotą nazywa się zbiorowisko mikroorganizmów zasiedlających określone środowisko, w tym przypadku przewód pokarmowy. Pojęcie mikrobiomu jest szersze, ponieważ obejmuje zarówno same mikroorganizmy, jak i ich materiał genetyczny, produkty przemiany materii oraz środowisko, w którym pozostają aktywne. Badanie wybranych markerów bakteryjnych nie jest tym samym co pełne profilowanie materiału genetycznego całej społeczności mikroorganizmów, choć oba rodzaje analiz bywają w języku potocznym określane podobnie.
Skład mikrobioty nie jest raz ustalonym parametrem, takim jak grupa krwi. Zmienia się pod wpływem diety, przyjmowanych leków, antybiotykoterapii, infekcji, stresu, aktywności fizycznej, wieku, warunków środowiskowych oraz współistniejących chorób. Jednorazowe badanie przedstawia zatem obraz określonego momentu. Wynik wykonany kilka tygodni po antybiotykoterapii może różnić się od badania przeprowadzonego przed leczeniem, podobnie jak rezultat uzyskany po istotnej zmianie sposobu żywienia, przebytej infekcji jelitowej albo w okresie nasilonych dolegliwości. Nie istnieje również jeden idealny skład mikrobioty, który można byłoby uznać za obowiązującą normę dla każdego człowieka. U osób zdrowych występują znaczne różnice w liczebności i proporcjach poszczególnych mikroorganizmów. Na wyniki wpływa ponadto sposób pobrania i transportu materiału, wykorzystana technologia laboratoryjna, metoda analizy danych oraz populacja referencyjna, do której porównuje się badaną próbkę. Z tego powodu odchylenie od wartości przyjętych w raporcie nie powinno być automatycznie utożsamiane z chorobą.
Co oznacza dysbioza jelitowa? Dysbioza jest określeniem zaburzenia równowagi mikrobiologicznej jelita. Może oznaczać zmniejszenie różnorodności mikroorganizmów, zmianę liczebności określonych grup bakterii albo zaburzenie proporcji pomiędzy analizowanymi markerami. Pojęcie to nie opisuje jednak jednej ściśle określonej jednostki chorobowej i nie wyjaśnia automatycznie przyczyny dolegliwości.
U pacjenta z wzdęciami, bólami brzucha, biegunkami albo zaparciami stwierdzenie odchyleń w składzie mikrobioty nie pozwala jednoznacznie ustalić, czy zmiany te odpowiadają za objawy, są ich następstwem, czy też wynikają z innych czynników, takich jak dieta, infekcja, stosowanie inhibitorów pompy protonowej, leków przeczyszczających, antybiotyków lub preparatów probiotycznych. W wielu chorobach obserwuje się określone różnice w składzie mikrobioty, ale współwystępowanie dwóch zjawisk nie przesądza jeszcze o związku przyczynowym.
Indeks dysbiozy jest wskaźnikiem odchylenia analizowanych markerów od profilu przyjętego dla populacji referencyjnej, a nie wynikiem dodatnim lub ujemnym w rozumieniu klasycznego testu diagnostycznego. Podwyższony indeks nie oznacza rozpoznania zespołu jelita nadwrażliwego, nieswoistej choroby zapalnej jelit, SIBO, otyłości ani innego konkretnego schorzenia. Nie powinien również prowadzić do samodzielnego wdrożenia długotrwałej diety eliminacyjnej, leczenia przeciwbakteryjnego lub intensywnej suplementacji.
Kiedy badanie mikrobioty może dostarczyć przydatnych informacji?
W 2025 roku na łamach „The Lancet Gastroenterology & Hepatology” opublikowano pierwszy międzynarodowy konsensus dotyczący stosowania testów mikrobiomu w praktyce klinicznej. Autorzy dokumentu nie zakwestionowali znaczenia badań nad mikrobiotą, ale zwrócili uwagę na ograniczenia obecnie dostępnych metod oraz konieczność zachowania ostrożności w ich wykorzystywaniu. Zgodnie z konsensusem testy mikrobiomu nie są obecnie rutynowymi badaniami diagnostycznymi pozwalającymi na rozpoznanie określonej choroby. Pacjent z przewlekłymi bólami brzucha, zaburzeniami rytmu wypróżnień, utratą masy ciała, niedokrwistością, obecnością krwi w stolcu albo nawracającą gorączką nadal wymaga standardowej diagnostyki. W zależności od obrazu klinicznego może ona obejmować badania krwi, badania stolca, ocenę markerów stanu zapalnego, diagnostykę w kierunku celiakii, badania obrazowe, gastroskopię, kolonoskopię albo testy oddechowe. Analiza mikrobioty nie zastępuje tych badań i nie powinna opóźniać konsultacji lekarskiej.
Podobnie jest w przypadku zespołu jelita nadwrażliwego. IBS rozpoznaje się na podstawie typowego obrazu klinicznego i obowiązujących kryteriów diagnostycznych, po uwzględnieniu objawów alarmowych oraz wskazań do poszerzenia badań. Nie istnieje obecnie profil mikrobioty, którego stwierdzenie pozwalałoby jednoznacznie potwierdzić lub wykluczyć IBS. Wynik testu może stanowić dodatkową informację, ale nie rozstrzyga o rozpoznaniu. Test mikrobioty nie służy również do rozpoznawania SIBO, czyli zespołu rozrostu bakteryjnego jelita cienkiego. Badanie mikrobioty wykonywane z próbki kału dotyczy przede wszystkim mikroorganizmów obecnych w jelicie grubym i nie zastępuje diagnostyki ukierunkowanej na jelito cienkie. Nie może zatem samodzielnie potwierdzić SIBO ani wskazać, że pacjent wymaga antybiotykoterapii.
Czym różnią się dostępne metody badania?
Do pełnego profilowania mikrobiomu wykorzystuje się m.in. sekwencjonowanie genu 16S rRNA oraz metagenomikę typu shotgun. Pierwsza z tych metod pozwala identyfikować grupy bakterii na podstawie charakterystycznych fragmentów materiału genetycznego. Metagenomika typu shotgun obejmuje szerszą analizę materiału genetycznego zawartego w próbce i może dostarczać bardziej rozbudowanych informacji o mikroorganizmach oraz ich potencjalnych funkcjach. Są to jednak metody wykorzystywane przede wszystkim w badaniach naukowych, a uzyskane wyniki mogą zależeć od sposobu przygotowania próbki, zastosowanych baz danych i metod bioinformatycznych.
Innym rozwiązaniem są zamknięte panele markerowe, obejmujące określoną grupę wcześniej wybranych markerów bakteryjnych. Wynik jest następnie porównywany z danymi pochodzącymi z populacji referencyjnej. Zaletą takiego rozwiązania może być większa standaryzacja i powtarzalność, ale ceną jest ograniczony zakres informacji. Panel markerowy nie pokazuje wszystkich bakterii obecnych w jelicie i nie powinien być utożsamiany z pełnym profilowaniem mikrobiomu.
W Centrum Wiedzy ALAB laboratoria dr hab. n. med. Michał Lipiński omawia badanie FloraGEN®, oparte na technologii GA-map®. Jest to panel 48 markerów bakteryjnych, którego wynik obejmuje między innymi indeks dysbiozy, ocenę różnorodności alfa w zakresie analizowanych markerów oraz ich odchylenia względem populacji referencyjnej. Badanie nie służy do rozpoznawania IBS, IBD, SIBO ani otyłości. Ma dostarczać informacji o możliwym zaburzeniu równowagi mikrobiologicznej, które następnie powinno być ocenione przez lekarza w odniesieniu do objawów i pozostałych danych klinicznych. Technologia została opisana w badaniach naukowych, a sam test posiada certyfikację CE-IVD, nie zmienia to jednak jego pomocniczego charakteru.
Warto pamiętać o przewadze świadomie dobranego, wystandaryzowanego testu nad przypadkowym badaniem kupowanym bez wiedzy o metodzie.
Z punktu widzenia pacjenta istotne jest, aby wybierać badanie, którego metoda, zakres analizowanych markerów i sposób interpretacji zostały jasno opisane. FloraGEN® nie obiecuje postawienia diagnozy na podstawie jednej próbki, lecz dostarcza uporządkowanych danych, które mogą zostać omówione z lekarzem w odniesieniu do objawów, diety, przyjmowanych leków i dotychczasowego leczenia. Właśnie standaryzacja metody oraz czytelne określenie jej możliwości i ograniczeń odróżniają takie badanie od raportów, które przedstawiają szerokie zalecenia bez wystarczającego odniesienia do sytuacji klinicznej pacjenta.
Kiedy wynik może być przydatny? Znaczenie badania zależy przede wszystkim od pytania, na które lekarz i pacjent próbują odpowiedzieć. Test może być rozważany jako dodatkowy element oceny u niektórych osób z zaburzeniami czynnościowymi przewodu pokarmowego, szczególnie wtedy, gdy występują nawracające wzdęcia, zmiany rytmu wypróżnień albo podejrzenie zaburzenia równowagi mikrobioty. Może być również wykorzystywany do obserwowania zmian po antybiotykoterapii, infekcji jelitowej, modyfikacji diety lub probiotykoterapii, pod warunkiem że nie jest traktowany jako jedyny miernik skuteczności postępowania.
W praktyce sam fakt stwierdzenia zmiany w wyniku nie przesądza jeszcze, czy stan pacjenta uległ poprawie. Zwiększenie liczebności określonej grupy bakterii albo zmniejszenie indeksu dysbiozy nie musi mieć znaczenia klinicznego, jeżeli nadal utrzymują się dolegliwości. Z drugiej strony pacjent może odczuwać poprawę mimo niewielkich zmian w analizowanych markerach. Dlatego wyniki laboratoryjne powinny być zestawiane z nasileniem objawów, tolerancją pokarmów, częstością i konsystencją wypróżnień, masą ciała, stosowanymi lekami oraz innymi parametrami zależnymi od problemu zdrowotnego. Badanie może być szczególnie użyteczne jako punkt wyjścia do uporządkowanej rozmowy o czynnikach wpływających na mikrobiotę. Lekarz może zapytać o niedawną antybiotykoterapię, sposób żywienia, ilość błonnika, stosowanie alkoholu, aktywność fizyczną, jakość snu, poziom stresu, przebyte infekcje i przyjmowane preparaty. Wartość testu polega wówczas nie na postawieniu gotowej diagnozy, ale na uzupełnieniu szerszego obrazu sytuacji pacjenta.
Dlaczego nie należy samodzielnie dobierać probiotyku na podstawie raportu?
Jednym z częstszych błędów jest próba mechanicznego uzupełnienia bakterii, których liczebność w raporcie została określona jako obniżona. Preparaty probiotyczne nie są jednak prostym zamiennikiem mikroorganizmów występujących naturalnie w jelicie. Ich działanie zależy od konkretnego szczepu, dawki, czasu stosowania i wskazania klinicznego. Właściwości jednego szczepu nie mogą być automatycznie przypisywane innemu mikroorganizmowi należącemu do tego samego rodzaju lub gatunku. Nie każdy probiotyk jest również odpowiedni dla każdego pacjenta. Preparat, dla którego wykazano określone działanie w biegunce poantybiotykowej, nie musi być skuteczny w zaparciu, wzdęciach albo zespole jelita nadwrażliwego. Samo stwierdzenie niskiego udziału określonej grupy bakterii nie wystarcza, aby wskazać konkretny produkt, a tym bardziej określić optymalny czas terapii.
Podobna ostrożność dotyczy prebiotyków i gwałtownego zwiększania podaży błonnika. U części pacjentów takie postępowanie może być korzystne, ale u innych może początkowo nasilić wzdęcia, ból brzucha lub biegunkę. Zmiany powinny być dostosowane do tolerancji, stanu zdrowia i rodzaju dolegliwości, a nie wprowadzane wyłącznie na podstawie oznaczeń przedstawionych w raporcie.
Dieta a mikrobiota – ważny związek, ale bez prostych recept
Sposób odżywiania jest jednym z istotnych czynników kształtujących środowisko jelitowe. Dieta bogata w różnorodne źródła błonnika, warzywa, owoce, produkty pełnoziarniste, nasiona roślin strączkowych i produkty fermentowane może wspierać różnorodność mikrobioty, jednak zalecenia te muszą uwzględniać indywidualną tolerancję oraz rozpoznane choroby. Pacjent z aktywnym nieswoistym zapaleniem jelit, istotnym zwężeniem przewodu pokarmowego, nasilonym IBS albo stanem po określonych zabiegach chirurgicznych może wymagać innego sposobu żywienia niż osoba zdrowa.
Nie ma również podstaw do eliminowania wielu produktów tylko dlatego, że raport wskazuje nieprawidłowość określonego markera. Restrykcyjna dieta bez właściwego uzasadnienia może prowadzić do niedoborów pokarmowych, niezamierzonej utraty masy ciała, pogorszenia relacji z jedzeniem i dalszego ograniczenia różnorodności spożywanych produktów. W przypadku nasilonych dolegliwości żywieniowych wskazana może być konsultacja z lekarzem i dietetykiem klinicznym, szczególnie gdy pacjent planuje dietę eliminacyjną albo już wykluczył wiele grup pokarmów. Wynik może natomiast zwrócić uwagę na znaczenie żywienia, przyjmowanych leków i innych czynników środowiskowych, ale nie powinien generować automatycznego jadłospisu traktowanego jako forma leczenia konkretnej choroby. Zalecenia pozostają wartościowe wtedy, gdy są możliwe do zastosowania, bezpieczne, dostosowane do objawów oraz oceniane na podstawie rzeczywistej odpowiedzi pacjenta.
Jak przygotować się do konsultacji z wynikiem badania? Pacjent zgłaszający się do lekarza powinien zabrać pełny raport, a nie jedynie stronę z podsumowaniem lub indeksem dysbiozy. Istotne są informacje dotyczące zastosowanej technologii, liczby analizowanych markerów, populacji referencyjnej oraz sposobu przedstawienia wyniku. Warto również przygotować listę leków i suplementów, informacje o antybiotykach stosowanych w ostatnich miesiącach, przebytych infekcjach oraz ważniejszych zmianach diety.
Lekarz powinien wiedzieć, dlaczego badanie zostało wykonane i jakie objawy skłoniły pacjenta do jego przeprowadzenia. Znaczenie ma czas trwania dolegliwości, ich związek z posiłkami, wygląd i częstość wypróżnień, występowanie bólu nocnego, utraty masy ciała, gorączki, niedokrwistości lub krwi w stolcu. Objawy alarmowe wymagają diagnostyki niezależnie od tego, czy raport mikrobioty wskazuje odchylenia, czy mieści się w zakresie przyjętej wartości referencyjnej. Podczas konsultacji ważniejsze od pytania o „uzupełnianie bakterii” jest ustalenie, czy wynik ma znaczenie w konkretnej sytuacji klinicznej. W zależności od sytuacji lekarz może zalecić obserwację, zmianę stylu życia albo dalszą diagnostykę. Bywa też, że wynik nie wpływa na dalsze postępowanie.
Osoby rozważające ocenę mikrobioty powinny wybierać badania o jasno opisanej technologii, określonym zakresie markerów i wystandaryzowanym sposobie analizy. Badanie FloraGEN®, dostępne w ALAB laboratoria, może stanowić pomocniczy element szerszej oceny klinicznej, szczególnie wtedy, gdy jego wykonanie i późniejsza interpretacja są powiązane z konkretnymi objawami oraz konsultacją ze specjalistą.
Co to oznacza dla pacjenta?
Badanie mikrobioty może dostarczyć interesujących informacji o wybranych cechach środowiska jelitowego. Nie jest samodzielną metodą rozpoznawania chorób. Wyniku nie należy interpretować bez uwzględnienia objawów, historii leczenia, sposobu żywienia oraz wyników innych badań. Odchylenie określone jako dysbioza nie wyjaśnia automatycznie przyczyny dolegliwości i nie oznacza, że pacjent powinien rozpocząć antybiotykoterapię, probiotykoterapię albo restrykcyjną dietę.
Przed wykonaniem testu warto sprawdzić, jaką metodę wykorzystuje laboratorium, jaki zakres mikroorganizmów lub markerów obejmuje badanie i czy zastosowana technologia została wystandaryzowana. Po otrzymaniu wyniku najbezpieczniejszym rozwiązaniem jest omówienie go ze specjalistą, szczególnie gdy występują przewlekłe objawy ze strony przewodu pokarmowego.
Przed wykonaniem badania warto zapoznać się z opisem technologii FloraGEN® w Centrum Wiedzy ALAB laboratoria oraz omówić ze specjalistą, czy wynik przyniesie informacje w konkretnej sytuacji zdrowotnej.
Najczęściej zadawane pytania
Czy test mikrobioty może wykryć zespół jelita nadwrażliwego?
Badanie może wykazać odchylenia w analizowanych markerach bakteryjnych, ale nie potwierdza ani nie wyklucza IBS. Rozpoznanie zespołu jelita nadwrażliwego opiera się na objawach i kryteriach klinicznych, z uwzględnieniem ewentualnych wskazań do dalszej diagnostyki.
Czy wysoki indeks dysbiozy oznacza chorobę?
Wskaźnik opisuje stopień odchylenia wyniku od profilu populacji referencyjnej. Nie wskazuje jednej konkretnej choroby i nie przesądza, że stwierdzone odchylenie odpowiada za objawy pacjenta.
Czy badanie mikrobioty może potwierdzić SIBO?
Badanie próbki kału nie jest testem rozpoznającym rozrost bakteryjny jelita cienkiego i nie zastępuje diagnostyki prowadzonej w kierunku SIBO.
Czy na podstawie wyniku można wybrać probiotyk?
Nie powinno się dobierać probiotyku wyłącznie na podstawie informacji o obniżonej liczebności określonej grupy bakterii. Skuteczność probiotyków jest zależna od szczepu i wskazania klinicznego, dlatego wybór preparatu powinien uwzględniać rzeczywiste dolegliwości pacjenta.
Czy każdy test mikrobioty jest taki sam?
Poszczególne badania różnią się metodą, zakresem oznaczeń, sposobem walidacji, populacją referencyjną oraz przeznaczeniem. Pełne profilowanie mikrobiomu metodami sekwencjonowania nie jest równoważne z analizą zamkniętego panelu markerów bakteryjnych.
Czy wynik mikrobioty może zmienić się po antybiotyku?
Tak. Antybiotykoterapia może wpływać na skład i różnorodność mikroorganizmów jelitowych. Znaczenie wyniku zależy jednak od czasu, jaki upłynął od leczenia, rodzaju zastosowanego antybiotyku, stanu zdrowia oraz obecnych objawów.
Czy prawidłowy wynik wyklucza chorobę jelit?
Nie. Wynik mieszczący się w przyjętym zakresie nie wyklucza celiakii, nieswoistej choroby zapalnej jelit, nowotworu, infekcji, SIBO ani innych schorzeń. W przypadku objawów diagnostykę prowadzi się zgodnie ze wskazaniami klinicznymi.
Kiedy należy pilnie skonsultować się z lekarzem?
Konsultacji wymagają przede wszystkim objawy alarmowe, takie jak krew w stolcu, niewyjaśniona utrata masy ciała, niedokrwistość, gorączka, uporczywe wymioty, silny lub narastający ból brzucha, biegunka występująca w nocy albo nagła zmiana rytmu wypróżnień. W takich sytuacjach badanie mikrobioty nie powinno zastępować standardowej diagnostyki.
Źródło:
Materiał Centrum Wiedzy ALAB laboratoria: „Jak rozumieć testy mikrobiomu w praktyce klinicznej?”, autor: dr hab. n. med. Michał Lipiński, 14 listopada 2025 roku.
Porcari S. i wsp., „International consensus statement on microbiome testing in clinical practice”, „The Lancet Gastroenterology & Hepatology”, 2025;10(2):154–167.
